有關基金將嚴格按照“安全、有效、規範、信用”的原則來運作，廣東省人民政府國有資産監督管理委員會(廣東省國資委)和澳門特別行政區金融管理局已就投資主體、資金保障機制、提前退場機制等基本達成共識。
在投資方式方面，雙方將共設粵澳合作發展基金，澳方將以“合格境外有限合夥人”（Qualified Foreign Limited Partner，QFLP）形式，作為有限合夥人（以下簡稱“有限合夥人”）認購粵澳合作發展基金份額；粵方則由廣東恒健投資控股有限公司和廣東南粵集團有限公司為主組建的粵澳基金管理公司作為普通合夥人認購粵澳基金份額。
廣東恒健投資控股有限公司是經廣東省人民政府批准設立，由廣東省國資委履行出資人職責的國有獨資投資控股公司，截止2015年底總資產2,412億人民幣，淨資產1636億人民幣，是淨資產最大的省屬企業。
粵澳合作發展基金投資廣東省內的基礎設施和重點項目以及與廣東自貿區建設相關的、有利兩地經濟民生的優質項目。暫定投資規模爲人民幣200億元，投資期為10年，資金分期分批到位。
粵澳雙方共識為澳方投資設定資金保障機制和退場機制等多重保障。廣東恒健投資控股公司將對粵澳合作發展基金提供擔保責任，保證澳方財儲資金的本息安全、有效。
此外，澳方財儲資金以其實繳出資額爲基數，按年固定取得投資收益。
