张泰俊如愿地成为国会议员，宋熙燮成为法务部长官，宋熙燮的心腹李常国议员也成了院内代表，这离宋熙燮的总统之路，又更近一步。宋熙燮接下来的算盘是，他要把检察厅握在手里，只有这样才没人敢吱声，因此他决定推荐张泰俊去检察厅特别委。
通过背信弃义，张泰俊终于成了国会议员
但事实上，在成为国会议员的那一刻起，张泰俊已做好与宋熙燮决一死战的准备。他的“黑化”，他对良知和道义的“放弃”，是他争取更大权力的一种手段。
昔日，张泰俊与李成民有这样一段对话。李成民质疑张泰俊手段的不正义，“过程若不正当，那结果也会是错的，不择手段去胜利就是你的方式吗？”
张泰俊回答，“现在重要的是这个吗？胜利才是重要的。不是说要改变世界吗？那就必须胜利才能做点什么。”
张泰俊认为，先爬上去，才有实现正义的可能，被踩在脚底下，空喊正义是没用的
张泰俊“胜利”了，他与宋熙燮的斗争刚开始。宋熙燮这棵大树并不是那么容易动摇的，那就从先去掉他的树根，将宋熙燮的心腹一个一个铲除。张泰俊的第一个目标是院内代表李常国，并顺利将李常国拉下马。
张泰俊准备拔掉宋熙燮这棵大树
张泰俊的第二个目标是财阀、化学公司代表李昌镇，这家化学公司与宋熙燮有着利益输送。几年前，该化学厂有严重的泄露事件，许多员工中毒受伤，而宋熙燮则是李昌镇背后的保护伞。化学公司东窗事发，宋熙燮准备切割李昌镇。
左臂右膀接连出事，老狐狸宋熙燮敏感地察觉到，这背后是张泰俊在搞鬼。张泰俊也知道瞒不住，彻底与宋熙燮翻脸。宋熙燮开始反扑，暗斗变成明争，厮杀更为惨烈。
宋熙燮与张泰俊撕破脸
先是与张泰俊处于同一战线的国会议员姜善英（申敏儿 饰）遭到威胁；接着是张泰俊负责的城真市拆迁工作发生拆迁雇佣兵与当地居民的冲突；再者是宋熙燮伪造相关证据，给张泰俊扣上贪污的帽子，并设局让张泰俊的父亲收礼，指摘张泰俊涉嫌违反公职选举法，遭到首尔中央地检的调查……
当然，张泰俊也不是软柿子。他和姜善英绝地反击，要以化学公司污染案做国政调查，并请来宋熙燮的死对头赵甲英（金弘波 饰）做靠山。但旋即，赵甲英就因涉嫌行贿被检察厅调查，而涉嫌行贿的三个议员正好在国政调查特委会中，重选议员调查化学公司就需要更多时间，这就为宋希燮赢得喘息之机会。
张泰俊一次次设套，宋熙燮一次次成功解套
与宋熙燮斗了多年，赵甲英不甘愿束手就擒，他通过自己在国税厅的人脉，查到了宋熙燮的一个秘密账户，这个秘密账户的现持有人正是李昌镇。张泰俊要求李昌镇交出宋熙燮的资金明细，但在李昌镇交出之前，他却意外跳楼自杀——化学公司与秘密账户两条线索都断了。
张泰俊只能从宋熙燮现在的辅佐官、也是张泰俊的死对头吴元植（郑雄仁 饰）身上入手。他们查到吴元植老婆的秘密账户，但这个账户在三营银行，而银行的行长正是姜善英的父亲。一旦张泰俊继续彻查，也会影响到姜善英。姜善英这才知道，她得以成为议员，离不开父亲势力的帮助。她支持张泰俊继续查下去，哪怕舆论会集中到自己身上——她想真正依靠自己的力量重新开始。
即将走投无路的宋希燮与他背后的大财阀，狗急跳墙，准备暗杀张泰俊。十几个蒙面者手持钢棍攻击张泰俊，有人拿出尖刀刺向张泰俊的腹部，并下令让人用汽车撞向他……
张泰俊遇袭
《辅佐官2》比《辅佐官1》更紧凑、更激烈、更好看，因为它每一集就像是一个单元剧，每当张泰俊找到宋熙燮的把柄，宋熙燮不择手段，狡兔三窟，又化险为夷，甚至反将一军，让张泰俊置于险境。高手之间的攻防战，或无中生有，或声东击西，或借刀杀人，或假途伐虢，或釜底抽薪，每次都是招招致命，但最终又被见招拆招。虽然《辅佐官2》结尾，宋熙燮被连根拔起，但整个国会，又何止一个宋熙燮？
好看之余，《辅佐官2》引人深思的是另外一个议题，当理想主义者坚持正义，却总是遭遇小人阻挡与暗算，总是陷于失败，那么坚持正义还有意义吗？还是我们应以牙还牙、以暴制暴，以小人之道还施小人身，以肮脏的手段去达到正义的结果？
这是张泰俊与恩师李成民的分歧。张泰俊也曾是正义的信徒，但10年的辅佐官经历，他看到太多正义的落败与肮脏的胜利，看到李成民与高锡万的死亡，看到“哭闹耍赖改变不了世界”，所以他选择肮脏的手段，爬到更高的位置进行战斗，位高权重才有话语权。这似乎是他实现正义结果的唯一道路。
然而，“与恶龙缠斗过久，自身亦成为恶龙；凝视深渊过久，深渊将回以凝视”，张泰俊以肮脏手段换取来的正义，是持久的正义吗？一个残酷的事实是，那些进入国会的议员大佬们，也都曾年轻过，他们也都曾像张泰俊一样，希望成为“黑暗中的光芒”，但终究，在品尝到权力的快感之后，他们被黑暗吞噬，成为这黑暗的一部分。
《辅佐官2》的最后，坏人被绳之于法，张泰俊虽然引咎辞掉议员，被检察官调查，但却被总统相中，总统亲自点名要他进入青瓦台辅佐。但这更多是编剧的“金手指”与“主角光环”。结局其实并不光明。张泰俊“以黑治黑”式的胜利，反倒意味着正义的人走到穷途末路，正义之人也得面目狰狞、自我堕落才有资格、能力与小人一战，这是怎样的黑暗与悲凉？也没有任何人可以打包票，剔除一个宋熙燮，韩国的政治生态就会因此改变，至少当前看来，张泰俊与宋熙燮这两条路，后者更容易走一些。
当品尝过黑暗时，还能保住光芒的初心吗？
张泰俊看着被他强拆、也被他默默帮助的西福临时市场，想起他曾对李成民说的，“市场上的灯光一个个灭掉，光一个一个去点亮是不够的，莫不如去建造一个灯光永远也不熄灭的世界。”对于政治生态亦是如此，灯光只能照亮周边，只有彻底地管住权力之手，彻底遏制权商勾结，才能彻底去除黑暗。但《辅佐官》无力提出解决方案，它聊以安慰观众的，还是个人式的英雄主义。
《辅佐官》是写给韩国政治圈的黑色剧集。但这样的剧集能够被拍出来，至少说明了，黑暗有散去的可能。
